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同一个人在干预前后接受的测量，不是两个独立样本。丢失配对关系，可能掩盖不确定性以及哪些人贡献了比较。应在用于分析的数据结构中明确保留该关系。
明确问题与假设
定义配对单位：它可以是人、器官或其他预设联系。检查观测值之间的时间和方法可比性。根据科学问题规划不完整配对的处理。两个单独均值相减，并非总能代替个体内变化分析，因为两个汇总可能由不同受试者贡献。
假设性研究示例
在一项假设研究中，基线均值使用所有人，随访均值却仅使用到访者。两者差值被报告为平均个体变化。团队检查谁贡献了每个汇总，并明确定义适当的配对和缺失数据方法，而不假定这些人群可以互换。
设计审查核查要点
- 验证配对键及识别唯一合格测量值的规则。
- 核查基线与随访汇总是否包含同一批贡献者。
- 测试配对缺失和存在多个候选配对观测值时的推导。
记录决策及其局限
经认可的分析应能复现每对观测值的来源与选择。使用尊重依赖性的方法，并区分人数与测量次数。若排除不完整配对改变了人群，应报告该后果。不得将组均值的变化与个体内变化指标混用；应展示相关不确定性，并解释哪个量回答预期问题。
常见问题
- 两个均值之差就是平均变化吗？
- 应评估是否由同一批人在相容的计算条件下贡献。
- 测量次数更多就意味着受试者更多吗？
- 不是。重复观测值仍与同一个人相联系。