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CTMS可以协调里程碑、访视和问题，但责任归属不清会使它成为各张电子表格的第二个版本。配置字段和报表前，应先明确系统要支持哪些决策。
指定字段责任
为中心启动、受试者人数、监查访视和付款建立字段责任表。确定每个数值的权威来源，以及有权纠正该值的人员。手工输入一个里程碑，并不能证明其对应活动已经完成。
区分预测与实际日期
例如，中心启动日期可以链接到已批准的放行核对表，而不只是计划日期。保留预测、实际完成和申办方验收之间的差别，避免项目组合报告抹去运营中的不确定性。
检查CTMS配置
- 定义里程碑的含义及允许的状态转换。
- 将导入人数与指定来源及提取日期核对。
- 指定过期预测和重复中心记录的审查责任。
试运行完整中心流程
让一个中心完整走过启动和一次监查访视。当仪表盘、源记录和问题日志描述一致时，再接受配置。在扩大使用前，将尚未解决的映射决策保存在受控待办清单中。
常见问题
- CTMS能否代替eTMF？
- 只有在其预期记录功能及控制措施经过评估时才可能。进度跟踪本身并不能证明这种能力。
- 谁负责导入数据？
- 应指定负责解释的业务负责人，以及负责传输故障的技术负责人。